Det skjulte Slotsholmen handler om det, der ikke uden videre ses og forstås ved et besøg på Slotsholmen – den lille kunstige ø, der i århundreder har været en vigtig del af magtens, politikkens og kulturens centrum. Besøger man de mange institutioner får man en spændende indsigt i alt, der er sket og sker i husene. Men Slotsholmen er også fyldt med spor af begivenheder og hændelser, der lever i murene og ude på pladserne, men som blot ikke mere ses eller bemærkes. – Det er det, Det skjulte Slotsholmen fortæller om.